Su origen se relaciona con la construcción de un puente para atravesar en este punto más estrecho y de sólidos cimientos rocosos el río Pas antes de su entrada en las hoces. A su lado se edificó una ermita, dedicada a San Miguel, en torno al siglo XII, dando lugar a un pequeño poblamiento que en los documentos medievales se recoge como La Puente de Viesgo.

Como la mayor parte de los habitantes de los pueblos de Cantabria, los vecinos eran libres y podían escoger señor en régimen de vasallaje (behetría), al que pagaban las cargas y los impuestos a cambio de protección.

En el Apeo de 1404, especie de catastro encargado por Don Fernando de Antequera, pretendiente de la Corona de Aragón, seguía siendo lugar de behetría, aunque en seguida muchos vecinos fueron hechos vasallos del Conde de Castañeda, por las concesiones hechas por algunos reyes de la Casa de Trastamara a la Casa de los Manrique de Lara.

Su economía se basaba en la agricultura de cereales y hortalizas, siendo más escasa la ganadería lanar y la pesca, casi siempre para el consumo familiar. La transformación de los cereales se hacía en molinos. En 1592 se cita el molino de la Fragua.

En 1646, en el barrio de Tremenal había un molino propiedad de los Gutiérrez de Ceballos, abuelos del arzobispo que construyó la ermita de Nuestra Señora de la Paz.

Hacia 1850 Puente Viesgo tenía 24 casas, además de la consistorial y una escuela de primeras letras. Habitaban 24 vecinos y un total de 96 almas. Existían dos fondas o paradores "bastante cómodos" y dos fuentes de buenas aguas.

La producción general era maíz, alubias, patatas, hortalizas y algunos pastos.